Grænfánaverkefnið stuðlar að aukinni umhverfisvitund, jákvæðum áhrifum í umhverfismálum á nærsamfélagið, lífsvenjum í anda sjálfbærni, lýðræðislegum vinnubrögðum og styrkir umhverfisstefnu skólans. Grunnskólinn í Borgarnesi hefur tekið þátt í umhverfisverkefni Landverndar, Skóli á grænni grein, frá upphafi þess, laust eftir síðustu aldamót og stefnir á það áfram.
Verkefni skólans hafa verið á ýmsa vegu. Í fyrstu var áherslan á fræðslu um umhverfismál, nýtingu orku í skólanum og endurnýtingu pappírs. Eftir að Landvernd setti verkefni Skóla á grænni grein í þemu, þá hafa verið tekin tvö slík í skólanum. Þau eru ,,Vatn“ og ,,Neysla og úrgangur.“ Skólinn fékk úttekt á verkefnið Neysla og úrgangur vorið 2020.
Verkefnið er alþjóðlegt umhverfismenntarverkefni sem rekið er af Landvernd á Íslandi. Tvö hundruð skólar á öllum skólastigum á Íslandi taka þátt í verkefninu.
Verkefnið hefur víðtæk áhrif og taka skólar ábyrga afstöðu til umhverfismála.
Nemendur leika stórt hlutverk í verkefninu og meta stöðu mála í skólanum með tilliti til þess þema sem unnið er með hverju sinni. Þeir setja markmið sem miða að því að skólinn bæti sig innan þemans. Að lokinni úttekt er skólinn verðlaunaður með Grænfána sem dreginn er að húni við skólann og flaggað í tvö ár. Þá tekur við nýtt þema og önnur úttekt.