Í Safnahúsinu eru starfrækt fimm söfn sem standa saman að ýmsum sýningum og viðburðum og er sú dagskrá kynnt á heimasíðunni. Safnahús er í eigu Borgarbyggðar en þjónar einnig Hvalfjarðarsveit og Skorradalshreppi með þjónustusamningum.
Safnahús Borgarfjarðar starfar m.a. eftir gildandi lögum um starfsemi safna, bókasafnslögum og lögum um opinber skjalasöfn. Í starfi hússins er tekið mið af menningarstefnu Borgarbyggðar.
Á efri hæð hússins er Hallsteinssalur þar sem settar eru upp tímabundnar sýningar, oft listsýningar en einnig byggðasýningar af ýmsum stærðum og gerðum. Þar er einnig að finna Héraðsbókasafn Borgarfjarðar. Mörg verkefni Safnahússins eru unnin í samvinnu tveggja eða fleiri safna hússins.
Auk sýninga fer hluti starfseminnar í ýmiss konar verkefni er tilheyra faglegu safnastarfi. Má þar nefna móttöku gagna og muna, flokkun og skráningu.