Safnahús hýsir fimm söfn:
Byggðasafn Borgarfjarðar
Héraðsbókasafn Borgarfjarðar
Héraðsskjalasafn Borgarfjarðar
Listasafn Borgarness
Náttúrugripasafn Borgarfjarðar
Safnahús er í eigu Borgarbyggðar en þjónar einnig Hvalfjarðarsveit og Skorradalshreppi með þjónustusamningum. Í starfi hússins er tekið mið af menningarstefnu Borgarbyggðar.
Grunnsýning Safnahúss er Ævintýri fuglanna sem var opnuð í apríl 2013. Hún er hönnuð af lista- og handverksmanninum Snorra Frey Hilmarssyni og er á neðri hæð Safnahúss. Á efri hæð hússins er Hallsteinssalur þar sem settar eru upp tímabundnar sýningar, oft listsýningar en einnig byggðasýningar af ýmsum stærðum og gerðum. Þar er einnig að finna Héraðsbókasafn Borgarfjarðar.
Auk sýninga fer hluti starfseminnar í ýmiss konar verkefni er tilheyra faglegu safnastarfi. Má þar nefna móttöku gagna og muna, flokkun og skráningu. Starfsemi bókasafnsins tekur einnig mið af þessu og mörg verkefni sem unnin eru í húsinu eru unnin í samvinnu tveggja eða fleiri safna.
Árið 1960 telst vera upphafsár safnsins. Aðalhvatamaðurinn var Haukur Jörundsson, kennari á Hvanneyri, en að safninu stóðu eftirtaldir aðilar: Samband borgfirskra kvenna, Borgfirðingafélagið í Reykjavík, Búnaðarsamband Borgarfjarðar, Ungmennasamband Borgarfjarðar og Kaupfélag Borgfirðinga. Safninu var lengi ekki hugaður fastur staður, en var árin undir 1970 í húsnæði hjá Kaupfélagi Borgfirðinga í Borgarnesi, þá við Egilsgötu. Árið 1970 fékk það samastað á Borgarbraut 61 ásamt Héraðsbókasafninu og Héraðsskjalasafninu. Í maí 1988 fluttu söfnin að Bjarnarbraut 4-6, þar sem þau eru enn í dag. Þar starfa þau í Safnahúsi Borgarfjarðar.
Á safninu eru margir dýrgripir, svo sem flygill barónsins á Hvítárvöllum, baðstofa frá Úlfsstöðum, málverk eftir Collingwood og smíðisgripir Þórðar Jónssonar listasmiðs frá Mófellsstöðum í Skorradal. Á safninu eru alls um 10.000 skráðir munir og hefur söfnun staðið yfir allt frá 6. áratug síðustu aldar. Í upphafstíð var safnað markvisst og árlega berast safninu góðir gripir að frumkvæði velviljaðs fólks. Sjá má nánar í ársskýrslum Safnahúss.
Byggðasafn Borgarfjarðar var eitt fyrstu safna landsins til að öðlast formlega viðurkenningu Safnaráðs Íslands (2013). Allir munir sem safninu hafa borist hin síðari ár eru skráðir í Sarp og unnið er að því að færa eldri skráningar úr kerfinu Filemaker yfir í Sarp. Söfnun er virk. Tekið er við munum samkvæmt ákveðnu verkferli sem lýtur að því að meta hvort viðkomandi hlutur flokkast sem góður og gegn safngripur. Ef svo er ekki raunin er honum hafnað. Munir eru sýndir þegar tækifæri gefst. Safnið getur ekki þegið gjafir sem fylgja kvaðir, og áskilur sér rétt til að afþakka gjafir sem slíkt á við um.